
Среднее содержание фосфатов в водах Азовского моря — 10 мг на 1м
3, нитратов — 23 мг на 1м
3. Одновременно с уменьшением речного стока уменьшается и количество биогенных элементов в водах Азовского моря, что объясняется оседанием части речных наносов, богатых детритом, в водохранилищах.
На химический состав азовских вод влияет, кроме того, нарушение характера поверхностного слоя донных отложений, их микрофауны и микрофлоры во время траления больших площадей, а также вследствие загрязнения воды и морского дна.
Существуют проекты уменьшения солености азовских вод путем сведения до минимума притока черноморских вод через Керченский пролив, в результате чего должна увеличиться и биологическая продуктивность. Однако существует мнение, что азовские воды могут не справиться с загрязнением.
Менее соленые подземные воды в отложениях ила свидетельствуют о том, что соленость вод в бассейне — предшественнике нынешнего Азовского моря была меньше. Содержание органического углерода в верхних слоях ила колеблется от 0,6 до 2,9 %. Содержание органических веществ в более низких слоях ила достигает 13,5 %.