
В этом пресноводном озере растут разнообразные растения — болотный хвощ, тростник, погруженный роголистник, ряска, колосовидный многолистник, плавающий рдест, широколистный рогоз и многие другие.
Флора водорослей также разнообразна. Из синезеленых встречаются представители родов Anabaena, Oscillatoria, Merismopedia, а также Aphanizomenon flos-aguae, Microcystis aeruginosa и др. Эвгленовые водоросли представлены в основном видами родов Euglena и Phacus, диатомовые — видом Melosira varians и видами родов Nitzchia, Cyclotella и Gorosigma. Весьма многочисленны и разнообразны зеленые водоросли — много dbljd рода Scenedesmus, а также Pediastrum, Tetraedron, Kirchneriella и др. Из макрофитов встречается Enteromorpha и Cladophora.
Численность планктонных водорослей меняется по сезонам, максимум ее отмечается летом. В 1964— 1965 гг. средняя численность фитопланктона летом была равна 6.6 млрд. клеток в 1 м3 воды, а в среднем за период - 3.3 млрд. клеток в 1 м3. Зеленые водоросли составляли 58,4 %, синезеленые 23.2 %, а диатомовые, эвгленовые 18.4 %.
Средняя численность фитопланктона в Блатницком озере характеризует его как высокопродуктивный бассейн с большими возможностями для рыбного промысла.